根据协会的宗旨和发展要求，协会秘书处设立了办公室、宣传部、项目部、外联部、财务部等部门。协会的信息发布负责人为北京市慈善协会秘书长唐崟。各部门具体职责如下：

办公室：负责秘书处综合性文件的起草、转发及文秘资料的处理，负责协会各类文档及印章的管理；负责人事管理工作，负责计算机网络管理工作，负责协会代表机构、分支机构等各部门之间的组织协调；负责秘书处后勤保障及安全保卫工作。

宣传部：组织实施慈善宣传、信息报道；负责来信、来访的接待和处理；负责各类宣传资料和宣传报道的收集工作；负责探讨、研究慈善理论。

项目部：负责慈善公益项目的调查与实施；负责策划和组织各类慈善募捐活动；负责开发慈善公益性项目；负责慈善公益项目的管理。

外联部：负责与国内外慈善公益机构的联络、交流与合作；为在北京兴办慈善事业的人士、企业和各种机构提供帮助和服务；参与国际、国内慈善组织间的援助活动。

财务部：负责协会内部财务管理及日常性收支业务；负责协会接收款物的登记和管理。